赤崁樓由荷蘭人於西元1653年建造，原名普羅民遮城（Provintia，在荷蘭文中有「永恆」之意），漢人則稱其為「赤崁樓」、「番仔樓」或「紅毛樓」。雖然歷經多次改建，赤崁樓至今仍大致保留著其原有風貌。
在荷蘭統治時期，赤崁樓是當時的行政中心。西元1661年，鄭成功攻台後將普羅民遮城改名為承天府，並作為地方治理之所。清朝統治初期，臺江尚未完全淤積，浪潮可直抵赤崁樓下，因此「赤崁夕照」成為當時臺灣八景之一。如今赤崁樓前可見九座清代石龜馱碑，這些石碑是從其他地區遷移至此。傳說中，石龜是龍生九子之一，因其喜愛負重而化為龜形。此外，赤崁樓的「斷足石馬」雕像也頗具傳奇色彩，據說石馬夜間會化為妖怪騷擾居民，因此被斬斷雙足，成為今日的模樣。
隨著時代變遷，赤崁樓因民變與疏於管理逐漸破損頹圮，原先的荷蘭式建築亦融入了中式建築風格，甚至一度在樓內供奉觀世音菩薩等神祇。日治時期，赤崁樓被改作陸軍衛戍醫院，並進行多次修繕與整修。二戰後，建築木結構改為鋼筋混凝土結構，並重新調整了主要入口的位置，成為今日赤崁樓的樣貌。赤崁樓集結了荷蘭、中式及近代建築風格，成為臺南歷史文化的重要象徵，訴說著時代的更迭與融合。
